过了一段时间，王安石又怂恿神宗说，陛下何不将苏轼罢黜出朝廷，难道是因为怜惜他的才学吗？譬如我们要调教一匹恶马，首先须减少它的草料，再多加鞭笞（减刍秣，加捶扑），使其服服帖帖后才能为我所用。就像苏轼这厮，不加以磨练其心性，压灭他的浮躁之心，怎能为陛下所用。这种人，其才学能为世所用者甚少，而为害世道者甚大，陛下不可不察啊！
随着时间的推移，苏轼在朝廷中的影响还真就变得越来越微妙了。
邵武（今福建省南平市属县级市）人叶祖洽（字敦礼），在殿试后神宗令当时的变法二号人物、宰相陈升之把的关，被赐予进士及第第一，当时任编排官的苏轼与苏辙、刘攽等人上书反对，认为叶祖洽不仅学识粗浅，议论不当，而且策论的卷子中还有“祖宗以来至于今，纪纲法度因循苟简而不举者，诚为不少”等语，实有轻率和对祖宗不尊之举。苏轼的意思是将叶祖洽罢黜，如若不然，像这种靠着诋毁祖宗以献媚时君的小人，一旦擢为进士及第第一，何以正风化。